菲律賓1946年獨立，但美國保留軍事基地，到1951年兩國簽署《美菲聯防條約》，訂明任何一方遭到「武裝進攻」時，對方將進行協商，採取行動「應付共同危險」。美軍1992年從呂宋島的蘇碧灣（Subic Bay）海軍設施和克拉克（Clark）空軍基地撤出，但菲、美1998年再締結《訪問部隊協議》（VFA），容許美軍船艦訪問菲律賓港口，同時恢復兩國大型聯合軍事演習。到2014年4月，美菲再簽訂《加強防務合作協議》（EDCA），容許美軍使用菲律賓境內5處指定軍事設施。
任內與美有齟齬 烏戰後杜特爾特又轉軚
但在杜特爾特時代，菲美關係出現波動，不但曾威脅廢止EDCA，更在2020年2月一度中止VFA，直至去年7月才恢復。在俄軍侵烏後不久，杜特爾特公開表示擔心如果俄軍動用核武，中國也會「侵略」，甚至使用核武，這情况下有美國駐軍的菲律賓無可避免地會被捲入，但他重申已下令菲國軍方容許美軍「無限制地」在菲部署，被部分專家解讀為重新回到親美路線的展現。小馬可斯同樣在俄軍侵烏後強調菲美關係，強調兩國軍事同盟屬「特殊關係」，美方「可做很多事」幫助菲律賓。
家族捲父侵人權官司 小馬可斯訪美有暗湧
然而，小馬可斯如上台或令菲美關係面對暗湧，其已故父親兼前總統馬可斯（Ferdinand Marcos）在昔年獨裁統治期間，被指犯下大量違反人權罪行，在美國有受害者後人入稟法院要求賠償，傳媒推斷這恐對小馬可斯未來訪美以至美菲關係帶來負面影響。
